Los microorganismos del suelo desempe an servicios fundamentales para los cultivos. Muchos de ellos, aunque no conocidos, establecen una estrecha relación con las plantas. Análisis del microbioma del banano en las Islas Canarias han revelado varias especies útiles como endófitos y antagonistas. Algunas de ellas se están probando para controlar hongos fitopatógenos como Fusarium oxysporum f. sp. cubense, el picudo negro Cosmopolites sordidus y nematodos fitoparásitos. Algunos microorganismos, junto con el uso de compuestos volátiles y de quitosano, están actualmente en estudio para ofrecer estrategias alternativas al control químico. El microbiom de suelo es una fuente muy importante de especies útiles, que deben de ser protegidas para sostener los niveles actuales de producción.
